Ofiary, z którymi rozmawiał reportażysta miały osobiście zawiadamiać przyszłego papieża o przestępstwach dokonywanych przez jego podopiecznych. Film odnosi się również do książki „Maxima Culpa. Jan Paweł II wiedział”, autorstwa holenderskiego dziennikarza Ekke Overbeeka, badającego nadużycia w Kościele.
„Dziś wiemy już bez wątpliwości, że Karol Wojtyła wiedział o nadużyciach seksualnych księży i ukrywał je, jeszcze w Polsce, zanim został papieżem” komentuje Marcin Gutowski.
Autor reportażu twierdzi, że dotarł do kościelnych dokumentów, które mają potwierdzać wiedzę Wojtyły o molestowaniach.
„Są wśród nich listy kardynała Karola Wojtyły osobiście przez niego podpisywane, które świadczą, nie pozostawiając wątpliwości, w jaki sposób działał Karol Wojtyła jako metropolita krakowski wobec nadużyć w Kościele i co zrobił z księżmi pedofilami” opowiadał dziennikarz.
Kilka dni po ukazaniu się reportażu rzecznik PiS, Rafał Bochenek poinformował, że „podjęta zostanie uchwała”, która bronić będzie dobrego imienia papieża Jana Pawła II.” Pojawiły się dwa projekty ustaw zaproponowane przez PSL i PiS. Pierwsza, za którą stoi Władysław Kosiniak-Kamysz, ma zamiar wskazać zasługi Karola Wojtyły. W projekcie ustawy drugiej partii znajduje się stwierdzenie: „Nie pozwolimy zniszczyć wizerunku człowieka, którego cały wolny świat uznaje za filar zwycięstwa nad imperium zła.”
Przewodniczący Krajowej Rady Radiofonii i Telewizji Maciej Świrski na Twitterze KRRiT poinformował:
„Zaraz po emisji wszcząłem postępowanie wyjaśniające z urzędu i wezwałem spółkę TVN do niezwłocznego przesłania wyemitowanego materiału. Do KRRiT wpływają liczne skargi w związku z tą audycją, a ich liczba stale rośnie”.
W skargach widzowie mieli ocenić reportaż jako nierzetelny oraz obrażający ich uczucia religijne. Na temat reportażu wypowiedzieli się liczni politycy Zjednoczonej Prawicy. Premier Mateusz Morawiecki nazwał film Gutowskiego „pseudo reportażem” i stwierdził, że „niszczenie wizerunku Jana Pawła II jest aktem barbarzyńskim”.
Prawicowi politycy oraz Episkopat Polski wątpią w wiarygodność źródeł, na których oparty jest reportaż, twierdząc, że są to akta SB.
„Zupełnym nieporozumieniem jest myślenie, że wszystko, co znajduje się w aktach SB to wielkie fałszerstwo” skomentował autor książki „Maxima Culpa. Jan Paweł II wiedział” w wywiadzie dla onet.pl.
„Ustalenie roli oraz sprawiedliwa ocena decyzji i działań ordynariusza archidiecezji krakowskiej Karola Wojtyły, a także uczciwe wyjaśnienie zarzutów wobec kard. Adama Sapiehy, wymaga dalszych badań archiwalnych", piszą o. Adam Żak SJ, koordynator KEP ds. ochrony dzieci i młodzieży i ks. Piotr Studnicki, kierownik biura Delegata KEP ds. ochrony dzieci i młodzieży.
Stacja TVN odpowiedziała na fale krytyki w „Faktach”:
„Reportaż »Franciszkańska 3« jest efektem wielomiesięcznej pracy, opartej na wieloźródłowych dokumentach, relacjach świadków i daje głos samym ofiarom. Przeszedł kilkuetapową weryfikację i powstał zgodnie z najwyższymi standardami dziennikarskimi. Rolą niezależnych i rzetelnych mediów jest pokazywać fakty, nawet jeśli są one bolesne i trudne do przyjęcia. Każdy z Państwa może reportaż samodzielnie ocenić, jest on dostępny w TVN24 GO”, dodał Grzegorz Kajdanowicz na antenie TVN.
