Mająca prawie 100 km długości i w najszerszym swym punkcie 2 km szerokości mierzeja, poprzez liczne bory sosnowe i trzcinowiska stanowi ostoję dla wielu zagrożonych gatunków ptactwa, jest także domem kilku ważnych gatunków ryb. Nie bez przyczyny zresztą wydzielono tutaj park krajobrazowy i cztery rezerwaty przyrody, a samo ujście Wisły i Zalew Wiślany oraz część mierzei objęte są obszarami „Natura 2000”.
Już w maju 2020 roku Stowarzyszenie Ekologiczne EKO-UNIA złożyło do Komisji Europejskiej skargę na trwającą budowę kanału żeglugowego przez Mierzeję Wiślaną. „Inwestycja staje się coraz bardziej nieracjonalna”, komentowali przedstawiciele Greenpeace Polska i EKO-UNII.
I choć zachwianie lokalnego rybołówstwa można uznać za dobry znak, inwestycja ta może skutkować pogłębieniem się problemów związanych z coraz bardziej dotkliwymi suszami, które obserwujemy na przestrzeni ostatnich lat. Gargantuiczne środki, które zostały wyrzucone w błoto (a raczej w beton), można byłoby wykorzystać do rewitalizacji rzek, ochrony mokradeł czy odtwarzania retencji naturalnej zasilającej wody podziemne. Jak możemy przeczytać w oficjalnym oświadczeniu Greenpeace Polska:
Można zatem stwierdzić, że budowa kanału na Mierzei Wiślanej jest swoistym pomnikiem nie tylko nieudolności obecnego rządu w sprawach ekonomii i handlu morskiego, ale stanowi również symbol tego, w jak głębokim poważaniu nasi politycy mają kwestie związane z ekologią czy rozwojem lokalnej turystyki. Miejmy nadzieję, że sprawą zainteresują się odpowiednie organy na poziomie Unii Europejskiej.
