Urodzony w Atenach Lanthimos, zdobył wykształcenie zawodowe w Szkole Filmowej Stavrakosa. Już w połowie lat 90. nakręcił swój pierwszy film krótkometrażowy pod tytułem „O viasmos tis Hlois”. W tym samym czasie tworzył produkcje teatralne, kręcił teledyski i reklamy. Był częścią zespołu kreatywnego odpowiedzialnego za inscenizację ceremonii otwarcia i zamknięcia Igrzysk Olimpijskich 2004 w Atenach.