Pomysłodawcą jest Stowarzyszenie Lambda Warszawa – istniejąca od 1997 roku organizacja działająca na rzecz akceptacji społecznej mniejszości seksualnych. Muzeum otrzymało wsparcie finansowe od władz miejskich; w konkursie przyznano 150 tysięcy złotych na prowadzenie działalności. Queer Muzeum działa dzięki wsparciu ze strony darczyńców, których dotacje umożliwiają dalszy rozwój instytucji.